Köln fiel nach der Eroberung 1794 unter die gesamtfranzösische Unterrichtsorganisation und durchlief im Zuge dessen innerhalb ihrer 20-jährigen Zugehörigkeit zu Frankreich insgesamt vier unterschiedliche Bildungssysteme. Niemand wusste wirklich, was genau passierte, am allerwenigsten die Kölner Bürger.
1798 wurde die Alte Universität geschlossen, da das geltende Bildungssystem keine Universitäten mehr vorsah. An ihrer statt wurde eine Kölner Zentralschule eingesetzt, die sich trotzdem noch als "L'Université de Cologne organisée en école centrale" bezeichnete. Es galt fortan ein dreigeteiltes Schulsystem, in dem kein Schulgeld fällig war. Es existiert zwar keine Schul-, aber eine Unterrichtspflicht, die jedoch vor allem in armen Familien kaum durchgesetzt werden kann. Privatunterricht ist vor allem in gut betuchten Familien immer noch Gang und Gebe, vor allem frankophile Familien bemühen sich jedoch darum, ihre Söhne im französischen System unterzubringen. Französisch als Unterrichtssprache war zwar vorgeschrieben, konnte sich aber kaum durchsetzen.

• Erste Bildungsstufe: Primärschulen/Volksschulen
  Hier vollzogen sich die wenigstens Änderungen. Primär- und Volksschulen waren sowohl für Mädchen, als auch Jungen vorgesehen und vermittelten wie die Stadtschule Grundkenntnisse und darauf aufbauende Fähigkeiten, vergleichbar mit der heutigen Grundschule. Die Schüler waren zwischen 6 und 12 Jahre alt. Die Primärschulen sind wie die Stadtschulen nicht vorbereitend für die Zentralschule anzusehen.
  
• Zweite Bildungsstufe: Zentralschule
  Hier handelt es sich "um ein Mittelding zwischen höherer Schule und Universität", das kein deutsches Pendant mehr hat. Damals wurde sie jedoch als Ersatz für die geschlossene Alte Universität angesehen und als Fortführung der akademischen Tradition in Köln. Die Schule ist nur für Jungen vorgesehen, die zwischen 16 und ca. 24 Jahre alt sind. Die Vorlesungen an der Zentralschule sind öffentlich und kostenfrei und fordern keinen Vorbildungsnachweis, das tatsächliche Studium erfordert aber natürlich eine Einschreibung. Die Vorlesungssprache ist, entgegen der gesetzlichen Vorschriften, Deutsch. Eingeschriebene Studenten von außerhalb werden gegen ein geringes Wohngeld in Gemeinschaftshäusern und Wohnungen untergebracht, die heutigen Wohnheimen ähneln.
  Die Zentralschule ist in drei Abteilungen untergliedert: Die erste umfasst die Lehrstühle für Zeichnen, Naturkunde, Alte Sprachen und Französisch, die zweite die Lehrstühle für Sittenlehre, Mathematik, Chemie und Physik und die dritte Abteilung die Lehrstühle für Schöne Wissenschaften, Geschichte und Gesetzgebung. In Köln kam noch ein Lehrstuhl für Geburtshilfe hinzu.
  Eine der Neuerungen an der Zentralschule war die staatliche Besoldung der Lehrenden mit 2000 Francs Jahresgehalt und 500 Francs Wohngeld. Professoren an der Zentralschule wurden die Professoren der Alten Universität, wobei hier nur ein Teil übernommen werden konnte.
  Restliche Professoren wurden teilweise Privatlehrer für private Haushalte, suchten andere Universitäten auf, oder schlossen sich mit ehemaligen Studenten der Alten Universität zusammen, um Privatvorlesungen zu geben. Studenten der höheren Fakultäten fanden in der Zentralschule in der Regel kein Pendant mehr für ihre Studiengänge und mussten entweder eine andere Universität besuchen oder ließen sich von ehemaligen Professoren in Köln weiter unterrichten. Vor allem für Studenten war die Zeit geprägt von Unsicherheiten.
  
• Dritte Bildungsstufe: Spezialschulen
  Die oberste Schulform stellten die Spezialschulen dar, die zum Teil die höheren Fakultäten ersetzten. Diese gab es in Köln jedoch nicht, da eine geplante juristische Spezialschule nie eingerichtet wurde.
  

Anfang des Jahres 1804 besitzt Köln drei Primarschulen und eine Zentralschule.